Misją Agencji jest wspieranie wymiany akademickiej i współpracy międzynarodowej w celu wzmocnienia potencjału polskiej nauki i szkolnictwa wyższego. Agencja ma za zadanie prowadzić długofalową politykę na rzecz wsparcia mobilności akademickiej oraz pro jakościowego umiędzynarodowienia oferty polskich uczelni m.in. przez realizację programów adresowanych do studentów i kadry naukowej tak z Polski, jak i z zagranicy.